Постройка храма была осуществлена в 1911г. по проекту военного архитектора Э. К. Герле. Изначальное предназначение – «часовня-покойницкая» при Анатомическом здании Императорской Военно-медицинской Академии.
После революции 1917г. здание было национализировано для нужд Советской Власти. Сведения о том, что располагалось в здании до 1980-х годов отсутствуют. Известно, что в одно время в часовне находилось помещение для прощания родственников с умершими («гражданская панихида»). При возведении многоэтажного кирпичного дома в 2,5 м. от часовни, здание очевидно было передано для хозяйственных нужд строителей. Внутри располагался сварочный цех. Из-за «заморозки» строительства многоэтажного дома здание часовни было брошено.
В 2001г. здание было передано для совершения богослужений Русской Православной Церкви. Настоятелем назначен протоиерей Александр Григорьев. После проведения работ по ремонту внутри помещения и оборудования алтаря, в 2002г. было начато совершение богослужений.
Приказом Председателя КГИОП от 20.02.2001 здание храма было включено в «Перечень вновь выявленных объектов, представляющих историческую, научную, художественную или иную культурную ценность».